Αλγόριθμοι στη Δομική Βιοπληροφορική

Ολοκληρωμένες προσεγγίσεις δομικής βιοπληροφορικής. Ανάπτυξη και εφαρμογή γεωμετρικών αλγορίθμων για τη μοντελοποίηση και ανάλυση τρισδιάστατων δομών μακρομορίων. Γονιδίωμα και πρωτεΐνες- πρωτοταγής, δευτεροταγής και τριτοταγής δομή μακρομορίων. Πρωτεϊνικές βάσεις δεδομένων (π.χ. Protein Data Bank), πειραματικά δεδομένα κρυσταλλογραφίας ακτίνων-Χ και NMR. Ακολουθίες, σύγκριση και στοίχιση ακολουθιών, στοίχιση με κενά. Δυναμικός προγραμματισμός, πολυπλοκότητα. Υπολογισμός δευτεροταγούς δομής. Μελέτη και υπολογισμός της τριτοταγούς δομής και της αναδίπλωσης (folding): γεωμετρία των αποστάσεων, αναζήτηση των μοριακών διαμορφώσεων (conformations), χώρος διαμορφώσεων (C-space). Ομοιότητες και αναγνώριση μακρομοριακών δομών, in silico πρόσδεση (docking) βιοδραστικών μορίων σε πρωτεϊνικούς υποδοχείς: μοριακές επιφάνειες (α-σχήματα, επιφάνεια Connolly). Δομές γεωμετρικών δεδομένων, γεωμετρική αναζήτηση, γεωμετρικός κατακερματισμός.